Este Centro de Investigación es uno de los más antiguos de la Facultad de Filosofía y Letras de la UBA. Fue fundado el 6 de junio de 1923, a instancias de la gestión realizada ante Ramón Menéndez Pidal por Ricardo Rojas, decano de la Facultad. El proyecto acordado se concretó con la función de formar una escuela de especialistas argentinos "que contribuya al acervo de la filología universal" y de promover la investigación en cuatro áreas: filología general, romance, americana e indígena. De este modo, se pone en marcha la investigación en la Facultad de Filosofía y Letras bajo la impronta de la Filología española, disciplina consolidada por Menéndez Pidal y sus discípulos en el Centro de Estudios Históricos de Madrid, y asentada en la íntima unidad de la lengua, la literatura, la cultura y la historia.
Durante los primeros años, se sucedieron directores españoles por períodos breves, hasta que en 1927 las autoridades contrataron por cuatro años a Amado Alonso, un filólogo español que había trabajado en el mencionado Centro. Su permanencia en nuestro país se prolongó por diecinueve años. Con su fructífera tarea y magisterio, logró la formación de investigadores (lingüistas, filólogos y críticos literarios) de primerísima línea y la producción de importantes publicaciones y series que le confirieron al Instituto alta jerarquía internacional.
Después de esta brillante etapa fundacional, y siguiendo el curso de los acontecimientos históricos que signaron la vida del país y de la Universidad, el Instituto fue sufriendo transformaciones administrativas y cambios de dependencia. En 1956 vuelve a resurgir como entidad independiente, hasta que en 1963, después de sucesivos reagrupamientos y fusiones, se constituye, finalmente, como Instituto de Filología y Literaturas Hispánicas "Dr. Amado Alonso". En esos ámbitos de la investigación casi exclusivamente hispánicos se movieron siempre los intereses y preocupaciones de los directores argentinos que se sucedieron: Marcos A. Morínigo, Frida Weber de Kurlat, Germán Orduna, Ángel J. Battistessa y Ana María Barrenechea.
En la actualidad, la reestructuración académica de los Institutos del área de Letras ha determinado una limitación del alcance de la acepción Literaturas Hispánicas a la Literatura Española, mientras que, a la vez, al incorporarse la Sección de Literaturas Extranjeras, se ha extendido el campo de la Filología a su sentido más abarcador: "ciencia que estudia el lenguaje, la literatura y todos los fenómenos de cultura de un pueblo por medio de textos escritos". De este modo, se ha ampliado el espectro más allá de las lenguas neolatinas y de las lenguas indígenas que constituían el objeto tradicional de las indagaciones. A partir del año 2007, y en razón de cumplir con las pautas de excelencia académica fijadas para tal fin, el Instituto ha pasado a la categoría de Instituto de Investigación Científica, Humanística y de Desarrollo Tecnológico de la Universidad de Buenos Aires.
Los numerosos proyectos de investigación radicados actualmente en esta sede están encuadrados mayoritariamente en la programación científica de la Secretaría de Ciencia y Técnica de la Universidad de Buenos Aires, así como también en la programación de la Agencia Nacional de Promoción Científica y Tecnológica. Estos proyectos se vinculan con las cátedras del Departamento de Letras, en sus áreas de Lingüística y Gramática, Literatura Española, Teoría Literaria y Literaturas Extranjeras. Entre sus objetivos más afianzados pueden señalarse: la integración de las perspectivas críticas que proceden de las Literaturas Comparadas y la consolidación de las interrelaciones con proyectos de otras áreas de las Humanidades. Como necesaria política de extensión se procuran las relaciones de cooperación e intercambio de la investigación disciplinaria e interdisciplinaria con los Institutos de Investigación de las Universidades Nacionales, así como con instituciones destacadas del ámbito internacional.
La comunicación científica para la difusión de las investigaciones se realiza tanto por medio de la publicación de la revista Filología, órgano del Instituto, como de la configuración de series monográficas surgidas de investigaciones colectivas o individuales (becas de investigación, tesis de doctorado, trabajos de seminario, etcétera). Asimismo, desde el año 1992 se han organizado Congresos Nacionales e Internacionales, coloquios, homenajes y conferencias. Se presta particular atención a la planificación y al apoyo de las actividades de posgrado (seminarios de doctorado y maestrías) para desarrollar y mejorar la formación de los graduados y jóvenes investigadores.